Гра є приквелом Deus Ex. Її дії будуть розвиватися в 2027 році (дії оригінальної гри розвивалися в 2052). Головного героя звати Адам Дженсен, і він працює в службі безпеки корпорації Sarif Industries, світового лідера з виробництва імплантів для людей. Під прикриттям натовпу, яка виступає проти аугментації, на штаб-квартиру компанії в Детройті відбувається організований напад. Невідомі кіберусовершенствованние агенти провокують поліцію, стримуючу заворушення, відкрити вогонь по бунтующим людям. В ході атаки гине багато тих, кого герой повинен був захищати. Ймовірна мета штурму - зрив дослідження, яким у цей момент займалися вчені Sarif Industries. Сам Адам був сильно покалічений. Щоб дізнатися, хто стоїть за нападом, Адам проходить процедуру імплантації імплантів (були замінені руки і вбудовані штучні зіниці) і починає власне розслідування.